本校はその起源を明治32(1899)年の石川県第二中学校の開校に発しており、明治34年に石川県立第二中学校、同40年には、石川県立金沢第二中学校と校名を改称、めざましい発展をとげ、幾多のすぐれた人材を世に送り出してきた。しかし、昭和23年、24年と続いた学制改革に際して、校舎が新制の紫錦台中学校に転用されたため後継校を得ないまま閉校となった。
昭和38年、金沢地区に普通科の高校が新設されることになった際、金沢二中の同窓生諸氏の間から後継校を切望する声が盛り上がり、本校が旧制石川県立金沢第二中学校の後継校として発足したのである。
金沢錦丘という校名は旧制金沢二中の校歌から取られており、校章も二中の梅鉢に4つのペンを加えたものである。校歌の中にも「はろけくも紫錦の空に」と旧制金沢二中との強い一体感を歌いあげている。